用电脑模拟的东京拘置所行刑室
虽然日本国刑法规定多种暴力罪行皆可被判处死刑，日本最高法院基于1983年永山则夫连环抢劫杀人案案例，定出釐定判处死刑与否的“永山基准（日语：永山基準）”。在“永山基准”下，基本上除非是伴随有诱拐、抢劫、强奸、骗取保险金等其他恶性情节的命案，或是被告人有杀人等前科，通常只有杀害多于一人的凶杀案犯人方有较大可能被法院判处死刑。
依据法律，死刑在判决后有漫长的上诉程序要完成，并要待同一案件所有被告的司法程序完成方可执行，使部分被告即便被判死刑多时，亦会因有同党仍在逃、审讯及上诉未完成等原因而仍未能执行。加上死刑必须由法务大臣（法务相）签署执行令后方可执行。而多数法务大臣因为政治主张或其他个人原因，普遍不愿意充当刽子手的角色，拒签执行令，从而导致日本国实际执行死刑的案例非常之少。截至2018年7月，日本全国仍有超过100名死囚尚待处决。
在日本，执行死刑的手段类似英国曾经使用过的长距坠落绞刑法，具体执行器具规格则参照明治六年（1873年）公布的《绞罪器械图式》。死囚行刑前会被单独囚禁于全国七所指定看守所（札幌、仙台、东京、名古屋、大阪、广岛、福冈），而非监狱（根据日本法律，监狱只执行监禁刑罚，不适用于死囚），由刑务官全日24小时监视，他们毋须参与强制劳动（但可自愿地接受一些指定的简单工作，以消磨时间及赚取少量报酬），据面对死囚的刑务官坂本敏夫在一次访问中表示，死囚原则上除睡眠外不得躺下，只准坐在固定位置。而且严禁发出任何声响和交谈；另外他们每日获安排离开囚室到指定范围运动，每周有2至3次机会在露天铁笼内“放风”，每次15分钟。[1]死刑通常在非周休二日及国定假日在看守所执行，为防止自杀和确保死囚情绪稳定，死囚不会被告知确实行刑日期，直至行刑前1小时左右方由刑务官押往刑场。刑场会有一个祭台，依死刑犯的宗教信仰不同而设置。行刑前，死囚会接受宗教人员教诲、获安排一小段最后时间交代遗言、写遗书、享用简单茶点（对于不合作、反抗的死囚，这步骤会被略过而直接行刑）。行刑时，死囚会被蒙眼，戴上手铐并套上绞绳，绞绳的长度会依受刑人的身高不同而决定，然后由三名（或五名）刽子手各自按下三个（或五个）按钮，但只有其中一个会产生作用。当按钮按下时，地上的活门便会开启，死刑犯便会瞬间从高处坠落，绞绳会瞬间将死囚头部向后拉，以致颈椎折断造成严重骨折，中断大脑对其他器官的指令，使死刑犯失去知觉，然后心脏停止跳动，造成死亡。[2]负责行刑的刽子手会得到一笔特殊津贴，但他们往往会把这笔津贴捐到庙里供奉神灵。
根据日本《户籍法》，犯人死后，拘留所负责人需向犯人户籍所在市区町村报告犯人死亡时间及死亡地点（行刑拘留所所在的市区町村）。死囚被处决后，遗体会按其遗愿交还指定的亲属，以处理后续殓葬事宜。至于无亲属愿意收尸者，将会由看守所安排火化遗体并保管骨灰。